По данным Роспотребнадзора, 8% жителей Башкортостана пьют воду, не отвечающую требованиям безопасности. Во многих городах и районах республики негативное воздействие на качество речных и подземных источников оказывают природные факторы. К примеру, в Уфе питьевая вода имеет повышенную жесткость.
Кроме того, в рамках нацпроекта "Экология" до 2024 года в России должны быть ликвидированы все незаконные свалки и построены современные комплексы, которые будут перерабатывать мусорные отходы. В республике ежегодно образуется около двух тонн отходов. На сетевом ресурсе ОНФ «Интерактивная карта свалок» жители Башкирии отметили 582 проблемных объекта, из них убраны только 180. По эффективности ликвидации незаконных свалок, отмеченных на сайте экологического проекта, республика занимает 74-ю позицию в рейтинге регионов.